Фамилия Бадеков образована по самой распространённой в русском языке модели — от прозвища или имени с помощью суффикса -ов, указывающего на принадлежность: «чей?» — Бадеков, то есть сын или потомок человека по прозвищу Бадек.

Корень «бадек» — неясный и редкий. Наиболее вероятная версия связывает его с диалектным словом «бада» или «бадя», которое в некоторых говорах означало «болото», «топь» или «грязь». В таком случае Бадеком могли прозвать человека, жившего у болота, или того, кто постоянно ходил грязным. Однако это лишь одно из объяснений.

Другая версия — от тюркского имени Бадек (Бадык), которое могло попасть в русскую среду через татар или башкир. В тюркских языках это имя могло означать «крепкий», «коренастый» или «маленький». Учитывая, что фамилия встречается в основном в Поволжье и на Урале, где исторически были сильны тюркские влияния, эта версия выглядит правдоподобной.

Встречается и вариант с ударением на последний слог — Бадеко́в, что может указывать на украинское или белорусское происхождение основы (ср. украинское прозвище Бадько, Бадьок). Однако суффикс -ов в этом случае вытеснил местный -ко или -ок.

Фамилия нечастотная. В дореволюционных списках она фиксируется в Казанской, Вятской и Пермской губерниях. Носители Бадековы, судя по географии, были скорее всего государственными крестьянами или мещанами — дворянских родов с такой фамилией в гербовниках нет.

Таким образом, Бадеков — фамилия с неочевидной, но вполне объяснимой основой, которая с равной вероятностью могла быть прозвищем по месту жительства или по внешности, а могла прийти из тюркского именника.