Фамилия Бадекова — женская форма, а её мужской вариант Бадеков — сравнительно редкая русская фамилия с прозрачной, но неочевидной основой. Чтобы понять её происхождение, стоит сразу отбросить самые популярные, но ложные догадки: к слову «бадья» или к тюркскому «бадык» (устойчивый, крепкий) она прямого отношения не имеет, хотя такие версии встречаются в любительских словарях.

Наиболее убедительная версия связывает фамилию с диалектным русским словом «баде́к» или «ба́дик». В говорах центральных и южных областей России так называли посох, трость, клюку — обычно изогнутую, сучковатую палку, на которую опирались при ходьбе. Слово это восходит к общеславянскому «бадати» (колоть, тыкать) — отсюда же и «багор», и «батог». Человек, носивший прозвище Бадек, мог быть пастухом (посох — обязательный атрибут), странником или просто человеком, который не расставался с тростью из-за хромоты или возраста. В таком случае фамилия образована по простой модели: прозвище Бадек + патронимический суффикс -ов, то есть «сын Бадека».

Менее распространённая, но лингвистически допустимая гипотеза — происхождение от канонического имени Вадим через народную форму *Бадим. В русских говорах начальное «в» иногда отпадало (ср. «арёнка» из «Варёнка»), а суффикс -им мог редуцироваться до -ек. Тогда Бадек — это сокращённая форма от Бадим, которое в свою очередь — вариант имени Вадим. Фамилии от Вадима (Вадимов, Вадимкин, Вадимычев) встречаются, но форма Бадеков в этом ряду стоит особняком и подтверждена в документах в основном в Курской и Орловской губерниях, где подобные фонетические сдвиги фиксировались.

Суффикс -ов в фамилии указывает на её относительно позднее оформление (не ранее XVI–XVII веков) и на то, что предки носителей фамилии, скорее всего, принадлежали к крестьянскому или посадскому сословию — дворянские роды с такой фамилией в «Бархатной книге» и других родословных сборниках не значатся. Встречаемость фамилии невысокая, что говорит об узколокальном происхождении: вероятно, один родоначальник с прозвищем Бадек дал начало фамилии в конкретном селе или волости.