Фамилия Байдекенов — редкий пример, где исходное слово почти полностью сохранило свою форму, а русский суффикс лишь оформил её в фамилию. Основа здесь — «Байдекен», а суффикс «-ов» указывает на принадлежность: «чей?» — Байдекенов, то есть потомок человека по имени Байдекен.

Само имя Байдекен — составное, тюркского происхождения. Первая часть «бай» в тюркских языках означает «богатый», «господин», «хозяин», а также входила в состав многих имен как пожелание достатка и уважения. Вторая часть — «декен» — скорее всего, вариант имени или прозвища Декен, которое могло быть связано с диалектным словом «декен» (декан, старшина) или же восходить к личному имени. Встречается форма «Байдекен» и как вариант имени Байдокен, где «докен» может означать «верблюжонок» — такое имя давали с пожеланием выносливости и силы.

С точки зрения географии, фамилия Байдекенов тяготеет к Казахстану и сопредельным регионам России (Оренбургская, Астраханская области). Это характерная фамилия для казахов и, реже, для других тюркских народов, которые в XIX–XX веках получали русские фамильные окончания при документальном оформлении. Интересно, что в отличие от многих фамилий, где тюркская основа сильно обрусела (например, Байков), здесь имя сохранилось почти целиком — это говорит о том, что фамилия могла быть оформлена позже, в советское время, когда уже не было жесткой русификации.

Сословно предки Байдекеновых, скорее всего, были скотоводами или мелкими землевладельцами — тюркские «баи» не всегда означали крупных богачей, часто так называли просто зажиточных хозяев. Фамилия не указывает на дворянство или казачество, хотя отдельные носители могли служить в казачьих войсках. Единственное, что можно сказать с уверенностью: Байдекеновы — потомки человека, которого в его окружении звали Байдекеном или Байдокеном, и это имя несло пожелание благополучия и уважения.