Фамилия Байдукенова — женская форма фамилии Байдукенов, и чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант. На слух она звучит как тюркская, и это первая и главная зацепка.

Основа фамилии — «Байдукен». В тюркских языках (особенно в казахском, башкирском, татарском) слово «бай» означает «богатый», «господин», «хозяин», а в древности — «вождь племени» или просто «уважаемый человек». Вторая часть, «дукен» или «дүкен», в казахском и ряде других языков означает «магазин», «лавка». Однако прямое сложение «богатый магазин» — маловероятная основа для фамилии. Скорее всего, «Дукен» — это личное имя или прозвище. В таком случае «Байдукен» — это составное имя из двух компонентов: «бай» (почётная приставка, как «бий» или «бек») и имя «Дукен». Человека могли назвать Байдукеном в значении «господин Дукен» или «богатый, как Дукен», либо «Дукен-бай» (где порядок слов мог быть изменён при русификации).

Суффикс «-ов» (в женской форме «-ова») — классический русский патронимический суффикс, указывающий на принадлежность. Фамилия Байдукенов буквально означает «сын Байдукена» или «потомок Байдукена». Следовательно, родоначальника этой семьи звали Байдукен.

Географически фамилия Байдукенова встречается преимущественно в Казахстане и среди казахов, а также в сопредельных регионах России (Оренбургская, Астраханская области). Это не случайно: модель образования фамилий от тюркских имён с помощью русского суффикса «-ов» была массовой в XIX веке при проведении переписей и выдаче документов в Казахской степи и среди татар. Русские чиновники записывали имя отца (Байдукен) и добавляли русское окончание, создавая фамилию для всей семьи.

С точки зрения сословной принадлежности, «бай» в имени предка может указывать на зажиточность, но не обязательно на дворянство. В казахском обществе «бай» — это скорее социальный статус скотовода-богача, уважаемого аксакала. Поэтому предки носителей фамилии Байдукеновы, вероятно, были не бедными кочевниками, а людьми с определённым весом в ауле.

Интересная деталь: в отличие от многих русских фамилий, оканчивающихся на «-ов», здесь ударение почти всегда падает на второй слог (Байду́кенова), что сохраняет тюркскую интонацию и выдает нерусское происхождение основы. Если встретите вариант Байдюкенов — это, скорее всего, диалектное или канцелярское искажение при записи, так как гласные в тюркских именах часто «ёкали» на слух русского писаря.