Фамилия Байдукенов — редкий случай для русской ономастики, где тюркская основа сочетается с русским патронимическим суффиксом. Её ядро — казахское или башкирское имя Байдукен, которое состоит из двух частей: «бай» (богатый, уважаемый, господин) и «дукен» (в тюркских языках — лавка, магазин, торговая точка). Прямое значение прозвища Байдукен — «богатая лавка» или «владелец богатой лавки». Так могли назвать зажиточного купца, торговца, владельца постоялого двора или просто человека, чей дом и хозяйство напоминали полную товаров лавку.

Русский суффикс -ов превратил личное прозвище в фамилию по стандартной модели: «чей?» — Байдукенов, то есть потомок Байдукена. Эта модель характерна для фамилий, которые оформлялись в русской административной среде в XIX — начале XX века, когда представители тюркских народов получали фамилии при переписях или при переходе в православие. В данном случае суффикс не указывает на русское происхождение, а лишь фиксирует факт документального оформления.

Географически фамилия тяготеет к югу Западной Сибири и Северному Казахстану — зоне активного контакта русских и казахов. Встречается она в Омской, Курганской областях, в Башкортостане. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках её почти нет — это фамилия, которая массово закрепилась уже в советское время, когда паспортизация охватила кочевое и полукочевое население.

Интересная деталь: у фамилии есть параллельная форма Байдукеев, где вместо русского -ов стоит тюркский суффикс -ев, который по сути то же самое, но выглядит как более ранний вариант адаптации. Байдукенов — это уже «обрусевшая» версия, где окончание приведено к привычному для русского уха стандарту. Если вы носите эту фамилию, ваши предки с большой вероятностью были торговцами или зажиточными крестьянами из приграничных степных районов, а сама фамилия — живое свидетельство того, как русский язык «присваивал» тюркские имена через суффиксы.