Фамилия Байду — редкий случай, когда прозвище или имя почти без изменений перешло в наследственное родовое именование. В ней нет привычных русских суффиксов -ов, -ин или -ский, которые обычно оформляют фамилию. Это указывает на то, что перед нами либо очень древняя, застывшая форма, либо фамилия нерусского происхождения, которую не стали русифицировать.

Скорее всего, основа фамилии восходит к тюркскому имени Байду. В языках тюркской группы «бай» — это «богатый», «господин», «хозяин», а «ду» (или «ту», «ды») — распространённый аффикс, образующий прилагательные или причастия. Таким образом, Байду можно перевести как «богатый», «имеющий богатство», «состоятельный». Это типичное «охранительное» имя: давая ребёнку имя со значением богатства, родители желали ему благополучной и сытой жизни. Встречаются и родственные варианты — Байда, Байдин, Байдуков.

В русских документах фамилия могла закрепиться за выходцами из Золотой Орды или более поздних татарских княжеств. В XVI–XVII веках служилые татары и их потомки нередко получали поместья и записывались в боярские списки, сохраняя свои родовые имена без изменений. Если предок носителя фамилии был крещёным, имя Байду могло стать мирским, а затем и фамилией, перешедшей к детям.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с диалектным глаголом «байдить» — медлить, мешкать, или с новгородским «байда» — пустомеля, болтун. Но она слаба, так как в таком случае фамилия почти наверняка получила бы суффикс -ин (Байдин) и не сохранилась бы в чистом виде Байду.

Географически фамилия встречается рассеянно, но чаще всего её можно встретить в Поволжье, на Урале и в Сибири — в зоне активного смешения славянского и тюркского населения. Сегодня это редкая русская фамилия, которая хранит память о степных именах и древнем пожелании богатства своему роду.