Фамилия Байдур — редкая, её происхождение приходится выводить по нескольким вероятным следам, и ни один из них не лежит на поверхности. В русской ономастике она не входит в число типичных образований на -ов, -ин или -ский, что сразу указывает на её возможное тюркское, арабское или кавказское происхождение, либо на позднее закрепление прозвища в качестве фамилии без переоформления суффиксом.

Самый прямой путь — разобрать основу «байдур» в тюркских языках. Слово «бай» (baj) — «богатый, знатный, господин» — хорошо известно в фамилиях и именах (Байков, Байрамов, Баймурзаев). Вторая часть «дур» может восходить к тюркскому «тур» (dur/tur) — «стой, живи, будь», либо к «дур» в значении «круглый, цельный». Вместе «байдур» может означать «будь богатым» или «богатый стой» — пожелательное имя-оберег, которое давали ребёнку, чтобы привлечь достаток. Такие составные имена (Байтуг, Байбек) типичны для татарской, башкирской и казахской традиции.

Вторая версия — арабский корень. «Байдур» может быть искажённым произношением имени Байдур (Baydur) или Байдар (Baydar), которое встречается в арабском и персидском мире. Там «бай» не тюркский, а может быть частью сложного имени, где «дур» — от «дурра» (жемчужина) или «дар» (обладающий). Но для тюркской среды такое объяснение менее органично.

Третий вариант — прозвище, связанное с внешностью или характером. В некоторых тюркских диалектах «байдур» могло означать «крупный, дородный», «видный» или «упрямый». Если фамилия закрепилась в русской среде, её могли дать по прозвищу, которое принесли переселенцы из Поволжья или Приуралья.

Географически фамилия Байдур встречается в Татарстане, Башкортостане, а также среди казанских татар и крымских татар. Встречаются единичные случаи на Северном Кавказе, что может указывать на адыгское или ногайское влияние. В русских документах XVII–XVIII веков фамилии такой формы почти не фиксируются — скорее всего, она оформилась поздно, в XIX веке, когда крестьянам и инородцам давали фамилии по имени отца или прозвищу.

Суффикса нет — это чистая основа, что говорит о её недавнем закреплении или о том, что носители сохранили исходную форму без русификации. Иногда фамилия могла писаться как Байдуров, но вариант Байдур — более редкий и архаичный. Сравните с однокоренными: Байтуров, Байдаров — все они имеют ту же структуру «бай» + корень, но Байдур стоит особняком из-за неясности второго элемента.