Фамилия Байдураев образована по типичной для тюркских народов модели: к основе прибавили русский патронимический суффикс «-ев», который закрепился в документах после крещения или перехода на русскую фамильную систему. Без этого суффикса фамилия звучала бы как Байдура, и в таком виде она встречается у башкир, татар, ногайцев и казахов.

Основа «Байдура» — составное имя или прозвище, где «бай» означает «богатый», «господин», а «дура» — это не русское ругательство, а тюркское слово со значением «стоять», «останавливаться» или «полный», «целый». В разных диалектах «дура» может означать «стойкий», «крепкий». Таким образом, Байдура — это «крепкий богач» или «состоятельный, устойчивый человек». Встречается и версия, что «дура» восходит к арабскому «дурра» — «жемчужина», тогда имя переводится как «богатая жемчужина», что тоже правдоподобно для мужских имён с элементом «бай».

Наиболее вероятно, что фамилия Байдураев происходит из среды башкир или татар, где составные имена с «бай» были особенно распространены. В дореволюционных метрических книгах Оренбургской и Уфимской губерний такие фамилии фиксировали у тептярей и мишарей. Интересная деталь: в отличие от фамилий на «-ин» (Байдурин), форма на «-ев» указывает на основу, оканчивающуюся на согласный, то есть исходное прозвище Байдур (без конечной гласной) — тоже возможный вариант, от которого пошли Байдуровы и Байдураевы.

Редкий суффикс «-аев» вместо более привычного «-ов» (сравните: Байдуров и Байдураев) выдаёт региональную особенность произношения: в некоторых говорах конечный «-а» в имени сохранялся и при образовании фамилии давал «-аев». Это отличает фамилию от более стандартных однокоренных вариантов и может помочь сузить поиск предков до конкретной местности — скорее всего, южный Урал или Зауралье.