Фамилия Байдеров образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — Байдеров, то есть сын или потомок Байдера. Основа здесь — личное прозвище или неканоническое имя Байдер. В русской ономастике эта фамилия редкая, и её корень не лежит на поверхности.

Самая вероятная версия связывает Байдера с тюркскими языками. В тюркском «бай» означает «богатый», «господин», «хозяин». Суффикс -дер в данном контексте может быть частью сложного имени или прозвища, например, Байдер (буквально «богатый мужчина» или «господин»). В татарской, башкирской или казахской среде такие имена встречались: Байдер, Байдар. От них и пошла фамилия Байдеров. В пользу этой версии говорит и география: фамилия встречается в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири — регионах с сильным тюркским влиянием.

Менее убедительна версия о происхождении от немецкого слова «Bader» — банщик, цирюльник. Если бы фамилия писалась как Бадеров, это было бы логично. Но форма Байдеров с гласной «й» в корне заставляет сомневаться: в немецком нет такого звука в этом слове, и переход «а» в «ай» нехарактерен для русской адаптации. Скорее всего, Байдеров — это русифицированная форма тюркского имени, которую записали на слух по русским правилам.

Встречается также вариант написания Байдаров, что ещё больше укрепляет тюркскую версию: имя Байдар (богатый, знатный) хорошо известно в истории, например, Байдар — половецкий хан или персонаж древнерусских летописей. Фамилию Байдеров могли получить потомки человека, которого звали Байдер, или же она возникла из диалектного произношения.

Таким образом, предки носителей фамилии Байдеров с высокой вероятностью были татарами, башкирами или представителями других тюркских народов, а сама фамилия указывает на прозвище, связанное с богатством или знатным положением. Сословная принадлежность могла быть разной: от крестьян до служилых людей, но точных данных об этом нет — фамилия не относится к числу широко распространённых и документированных в дворянских родословных книгах.