Фамилия Байдуллин — типичный пример тюркского имени, перешедшего в русскую фамилию через суффикс принадлежности. Корень здесь — арабское имя Байдулла, которое составлено из двух частей: «бай» (в тюркских языках — богатый, господин, уважаемый человек) и «улла» (арабское «Аллах»). Вместе Байдулла означает «богатство Аллаха» или «богатый милостью Аллаха». Имя было распространено у татар, башкир и других народов Поволжья и Приуралья, исповедующих ислам.

Русский суффикс -ин в фамилии Байдуллин указывает на модель «чей?»: «сын Байдуллы». В русском языке фамилии на -ин образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я, что и произошло с именем Байдулла. Если бы основа заканчивалась на согласный, мы бы получили вариант Байдуллов, но в тюркских именах с конечной гласной закрепился именно суффикс -ин. Встречаются и параллельные формы — Байдулин, Байдуллиев, но Байдуллин — самый частый вариант.

Географически фамилия плотнее всего привязана к Татарстану, Башкортостану и Оренбургской области. В дореволюционных переписях носители фамилии числились в основном среди государственных крестьян и тептярей — сословия, которое платило подати, но не было крепостным. Это значит, что предки Байдуллиных, скорее всего, занимались земледелием или скотоводством, а не были дворянами или купцами.

Есть и редкая версия происхождения — от тюркского слова «байдул» (вид птицы или прозвище охотника). Но она слабо подтверждена: в ономастических словарях и архивных записях имя Байдулла встречается как личное многократно, а прозвище «Байдул» — лишь в единичных упоминаниях. Поэтому основная гипотеза — от арабо-тюркского имени — выглядит убедительнее. В отличие от многих русских фамилий, которые образованы от прозвищ или профессий, Байдуллин прямо ведет к личному имени, что делает его историю прозрачной.