Фамилия Байдушина — женская форма (в мужском варианте — Байдушин), и её разумнее всего разбирать через мужскую основу. В основе лежит тюркское личное имя или прозвище Байдуш. Оно составное: «бай» — богатый, господин, хозяин; «душ» — друг, товарищ, ровесник. В буквальном смысле Байдуш — «богатый друг» или «друг господина». Имя это нередко давали как пожелание удачного окружения или как характеристику человека, который держится при знатном покровителе.

Модель образования простая и типичная для русских фамилий XVI–XVII веков: к основе Байдуш- добавили патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Байдушин, то есть сын Байдуша). Такая схема характерна для фамилий, возникших в среде служилых людей, казачества и крестьянства Поволжья, Приуралья и Сибири — регионов, где русское население плотно контактировало с тюркскими народами.

Географически фамилия Байдушин (и Байдушина) встречается в основном на территории бывшей Казанской, Оренбургской и Пермской губерний, а также в Башкортостане и Татарстане. Это не случайно: именно там оседали обрусевшие татары, башкиры и чуваши, принимавшие православие и получавшие русские фамилии, образованные от прежних тюркских имён.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с диалектным русским словом «байдуш» — так в некоторых говорах называли болтуна или пустомелю. Но эта гипотеза слабая: в письменных источниках такое слово почти не фиксируется, а тюркское происхождение имени подтверждается множеством параллельных фамилий (Байгушев, Баймурзин, Байтуганов). Поэтому основная версия — от тюркского личного имени-прозвища — надёжнее.

Сословно предки Байдушиных чаще всего были либо государственными крестьянами, либо казаками. Дворянских родов с такой фамилией в дореволюционных родословных книгах не обнаружено — это фамилия простых людей, но с глубокой историей, уходящей в эпоху освоения юго-восточных окраин России.