Фамилия Байджанова — женская форма, а мужская — Байджанов. Её происхождение почти наверняка связано с тюркскими языками, и ключ к разгадке лежит в основе «бай». В тюркской ономастике этот элемент означает «богатый», «господин», «хозяин», «знатный человек». Он входил в состав множества имён и прозвищ, часто как первая часть сложного слова: Байрам, Баймурат, Байгул.

Вторая часть фамилии, «джан», — это иранский по происхождению элемент, означающий «душа», «жизнь», «возлюбленный». В тюркских языках он стал распространённым ласкательным или уважительным компонентом личных имён, особенно в Средней Азии и Закавказье. Таким образом, имя Байджан (или Байджан) можно перевести как «богатая душа», «знатный, как душа» или «господин души» — то есть очень дорогой, ценный человек.

Фамилия образована по русской модели: к основе Байджан- прибавлен суффикс принадлежности -ов (в женском роде -ова). Такая модель типична для фамилий, возникших в среде, где русская административная система фиксировала имена и прозвища нерусского населения. Носители фамилии — потомки человека по имени Байджан, который, скорее всего, жил на территории, где смешались тюркские и иранские языковые традиции: в современном Узбекистане, Таджикистане, на Кавказе или в Поволжье у татар и башкир.

Встречается также вариант написания Байджанов, где «дж» передаёт мягкий звук [дж] — это характерно для фамилий, записанных с арабской графики или через европейские языки. Если бы фамилия записывалась строго по-русски с тюркского, могла бы появиться форма Байжанов (с твёрдым «ж»), но вариант с «дж» указывает на конкретное произношение, близкое к исходному.

Исторических сведений о сословной принадлежности носителей фамилии нет, но само имя Байджан в прошлом могли давать не только знатным людям, но и как пожелание богатства и душевной щедрости ребёнку в простой семье. Фамилия не частая, но встречается в России, Казахстане, Узбекистане и среди тюркоязычных народов.