Фамилия Байгабылов — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все прочие версии. Её основа — «Байгабыл» — с высокой долей вероятности представляет собой казахское мужское имя Байгабыл (каз. Байғабыл). Оно составное: «бай» (богатый, могущественный, хозяин) и «ғабыл» (от арабского «кабиль» — принимающий, согласный, способный). В тюркской антропонимике такие имена давали с пожеланием достатка и удачи в делах. Фамилия образована по русской модели патронимического суффикса -ов, то есть буквально «сын (или потомок) Байгабыла».

Однако здесь есть важный нюанс, который делает фамилию нестандартной. В классических русских фамилиях суффикс -ов обычно присоединяется к основе, оканчивающейся на согласный (Иван — Иванов). Здесь же мы видим основу на мягкий согласный «л». Если бы фамилия формировалась в центральной России в XVII–XVIII веках, мы бы скорее ожидали форму «Байгабылев» (с беглым «е», как «Королёв» от «король»). Сохранение твёрдого «ы» и окончания «-ылов» выдает позднее оформление — скорее всего, уже в XIX или даже начале XX века, когда фамилию записывали чиновники, не адаптируя её под живые русские говоры, а механически прибавляя суффикс к полной форме имени.

Ареал фамилии подтверждает эту догадку. Байгабыловы — почти исключительно жители Казахстана и прилегающих регионов России (Оренбургская, Астраханская области). Среди казахов имя Байгабыл встречается, но не повсеместно — оно более характерно для южных и западных регионов. Это значит, что предки носителя фамилии, скорее всего, были кочевниками-скотоводами или оседлыми земледельцами из числа казахов Младшего или Среднего жуза, которые в ходе административных реформ Российской империи получили фамилию по имени деда или отца.

Другие версии — например, связь с башкирским или татарским «байга» (скачки, бега) — маловероятны. Слово «байга» в этих языках женского рода, и фамилия от него звучала бы как «Байгин» или «Байгиев». Корень «габыл» (способность) здесь первичен, а не натяжка. Поэтому единственная рабочая гипотеза — это арабо-тюркское личное имя, зафиксированное в документах на русском языке с минимальной переделкой.