Фамилия Байганова — женская форма от Байганов. В её основе лежит тюркское мужское имя Байган, которое состоит из двух частей: «бай» — «богатый, господин, хозяин» и «ган» (от глагола «ган-/кан-») — «кровь». В буквальном прочтении имя Байган означает «богатая кровь» или «господин крови». Однако в тюркской ономастике это не бытовое прозвище, а скорее пожелание или статусное имя: «благородный», «знатный», «имеющий богатый род».

Модель образования типична для русских фамилий тюркского происхождения: к основе Байган добавили русский патронимический суффикс -ов, что означает «сын Байгана» или «принадлежащий Байгану». Фамилия закрепилась в среде татар, башкир, казахов и других народов, где имя Байган было распространено. Встречается она преимущественно в Поволжье, на Южном Урале и в Западной Сибири — регионах, где веками соседствовали тюркские и славянские культуры.

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий на -ов, которые образованы от крестильных имён, Байганова несёт в себе не христианский, а домусульманский или раннеисламский пласт. Имя Байган не связано с арабскими или персидскими корнями, а является исконно тюркским. Это указывает на то, что предки носителей фамилии, скорее всего, не были в числе первых принявших ислам в регионе, либо сохранили имя как родовое, несмотря на смену веры.

Среди однокоренных фамилий — Байганов, Байганкин, Байганский. Последняя встречается реже и может указывать на географическую привязку: например, к селу или реке с названием Байган. В целом фамилия Байганова — редкая, её носители чаще всего живут в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях.