Фамилия Байганов — редкий случай, когда ономастика почти не расходится с географией. Её корни ведут в тюркский мир, а конкретнее — к слову «байга», которое в казахском, башкирском и татарском языках означает «скачки», «конные состязания». Соответственно, Байганов — это «сын того, кто участвует в скачках» или, что вероятнее, «сын устроителя байги».

Здесь важно не путать с похожей фамилией Байганов — без «-ов», которая встречается у татар и башкир. А вот суффикс «-ов» в русской записи указывает на то, что фамилия оформлялась уже в русской канцелярской традиции, когда тюркское прозвище или имя Байган (Байгана) русифицировали по модели «чей?» — Байганов. Сама основа «байган» могла быть и личным именем, где «бай» — «богатый, господин», а «-ган» — аффикс, образующий причастие прошедшего времени. Тогда Байган — «ставший богатым», «возвысившийся».

Вторая, менее распространённая версия, отсылает к монгольскому «байган» — «маленький», «младший». В таком случае фамилия могла быть прозвищем младшего сына или невысокого человека. Но эта гипотеза слабее: для фамилий, бытующих в Поволжье и Приуралье, тюркская скаковая этимология выглядит естественнее.

Географически фамилия Байганов сегодня встречается в Оренбургской, Челябинской областях, в Башкортостане и Татарстане — то есть в зоне исторического соседства русских и тюркских народов. Предки носителей фамилии, скорее всего, были башкирами, татарами или казахами, которые в XVIII–XIX веках получили фамилию по одному из предков — лихому наезднику или человеку, чья жизнь была связана с конными состязаниями. Среди башкир байга была не просто развлечением, а частью военной подготовки и общественных праздников, так что прозвище могло быть почётным.

С точки зрения социального статуса фамилия не указывает на дворянство или духовенство — это типичная «прозвищная» фамилия простых людей, которая закрепилась после отмены крепостного права или при переписях. Никаких известных исторических деятелей с этой фамилией в открытых источниках нет, что тоже говорит о её крестьянском или казачьем происхождении.