Фамилия Байганаев — одна из тех, где ясно видна тюркская основа, но конкретное значение ускользает из-за многозначности корней. Если разобрать её по составу, то перед нами типичная патронимическая модель на -ев, присоединённая к мужскому имени или прозвищу Байганай (или Байгана). Суффикс указывает на принадлежность: «сын Байганая».

Корень «бай» — самый прозрачный и распространённый в тюркских языках (казахском, башкирском, татарском, киргизском). Он означает «богатый», «могущественный», «господин» или «хозяин». В именах и прозвищах этот компонент часто служил пожеланием богатства или указанием на состоятельность человека. Вторая часть — «гана» — сложнее. Она может восходить к слову «кан» (кровь, род), и тогда Байгана — это «богатый родом» или «знатный по крови». Есть и другая версия: «гана» может быть вариантом слова «ганай» (диалектное «одинокий», «единственный»). В этом случае прозвище Байганай означало бы «единственный богач» или, что вероятнее, «единственный сын у богатых родителей» — ласковое внутрисемейное имя.

Географически фамилия Байганаев встречается прежде всего у тюркских народов России и Средней Азии, особенно у казахов и башкир. В русском контексте она могла появиться в результате крещения или добровольного вхождения в состав Российской империи, когда фамилии фиксировались по документам. Интересно, что ударение в фамилии обычно падает на последний слог (Байгана́ев), что характерно для многих тюркских фамилий, адаптированных русским языком.

В отличие от фамилий на -ов от славянских корней, Байганаев не имеет отношения к профессиям или прозвищам по ремеслу. Это фамилия-оберег или фамилия-пожелание: предка назвали Байганаем, желая ему или его роду достатка и знатности. Сравните с однокоренными фамилиями вроде Баймуратов, Байгаскин — везде «бай» задаёт верхний, социально высокий статус. Никаких данных о дворянстве или сословной принадлежности Байганаевых в открытых источниках нет, но по модели образования это фамилия не элитарная, а народная — от личного имени, которое давали в семье.