Фамилия Барганаева — женская форма, а мужская, Барганаев, образована от прозвища или имени Барганай. Словообразовательная модель здесь самая распространённая для русского ономастикона: к основе на -ай присоединили патронимический суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного). Форма Барганаева, соответственно, указывает на принадлежность к роду человека по прозвищу Барганай: «жена Барганая» или «дочь Барганая».

Основа фамилии — тюркская. Корень «барган» в тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) означает «пошедший», «ушедший», «отправившийся». В переносном смысле так могли назвать странника, путника или человека, который ушёл из родных мест и не вернулся. Суффикс -ай в тюркских именах и прозвищах часто придаёт ласкательный или уменьшительный оттенок, поэтому Барганай — не столько «ушедший», сколько «уходивший», «тот, кто любит странствовать». Встречается и другая версия: от монгольского «баргана» — вид кустарника, карагана. Тогда прозвище могли дать человеку, жившему в зарослях такого кустарника, либо сутулому (по ассоциации с изогнутым стеблем). Но тюркская версия с глагольным корнем выглядит убедительнее: фамилии от глагольных основ в тюркской среде встречаются реже и потому более маркированы.

Географически фамилия Барганаева тяготеет к Волго-Уральскому региону и Западной Сибири. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках её носители чаще всего записаны как «тептяри» или «башкиры» — сословные группы, в которых активно шло смешение тюркских и финно-угорских родов. Встречается фамилия и у татар-мишарей. Сословно предки Барганаевых, скорее всего, были государственными крестьянами или казаками — в дворянских родословных книгах эта фамилия не отмечена.

Интересная деталь: у фамилии есть вариант написания через «о» — Борганаев. Это не ошибка, а следствие аканья, свойственного многим тюркским диалектам Поволжья. В старых документах можно встретить обе формы, но в современном русском языке закрепился вариант через «а». Фамилия редкая: по данным открытых телефонных справочников, её носители живут в основном в Башкортостане, Челябинской и Оренбургской областях.