Фамилия Байгаринов — одна из тех, что сразу выдают тюркское происхождение, причём довольно позднее по меркам русских фамилий. Её основа — составное имя или прозвище «Байгарин», а суффикс -ов указывает на стандартную русификацию: так фамилии оформляли в документах, когда кочевое население переходило к оседлости и получало паспорта. Встречается она преимущественно у казахов, башкир, татар и киргизов, то есть в среде, где сильно влияние тюркских языков.

Разберём корень. Первая часть «бай» в тюркских наречиях означает «богатый», «господин», «хозяин». Это один из самых частых компонентов в личных именах и прозвищах: Баймурат, Байжан, Байбатыр. Вторая часть — «гарин» — сложнее. Скорее всего, это искажённое «гарын» или «карын», что в казахском и родственных языках значит «живот», «чрево», а в переносном смысле — «утроба», «родня». Но в ономастике у таких слов есть и другое значение: «карын» могло быть прозвищем по физической особенности (например, человек с большим животом) или же указывать на родственную связь — «отпрыск», «потомок».

Есть и другая версия, менее вероятная, но не лишённая логики. «Гарин» может восходить к арабскому «гариб» — «чужой», «странник». В тюркской среде это слово иногда давали пришлым людям или тем, кто вернулся из долгого путешествия. Тогда Байгарин — «богатый странник» или «чужак-господин». Но здесь возникает натяжка: сочетание «бай» (тюркское) и «гариб» (арабское) встречается редко, хотя в исламизированных регионах Средней Азии такое смешение языков возможно.

Словообразовательная модель Байгаринов — типичная для фамилий, возникших в XIX–XX веках, когда русская администрация фиксировала имена кочевников. Приставка -ов присоединялась к основе, чтобы фамилия звучала по-русски, но корень оставался тюркским. В отличие от старых дворянских фамилий, у Байгариновых нет связи с боярскими родами или древними вотчинами — это фамилия, родившаяся в степи, в среде скотоводов и воинов. Носители её, скорее всего, были людьми зажиточными (от «бая») или отличавшимися какой-то заметной чертой, закрепившейся в прозвище.

В написании фамилии возможны варианты: Байгарин (без суффикса -ов) — такая форма встречается у казахов как исходная, а Байгаринов — уже русифицированный вариант, который закрепился в паспортах. Встречается и написание через «ы» — Байгарынов, что ближе к произношению в некоторых диалектах. Споры о корне в основном сводятся к тому, считать ли «гарин» частью имени или отдельным словом, но большинство ономастов склоняются к версии с «карын» — как к наиболее естественной для тюркской антропонимии.