Фамилия Байкараев — тюркская по происхождению, и её разбор стоит начать с основы «бай», что в большинстве тюркских языков означает «богатый», «господин», «знатный». Эта часть имени или прозвища указывала на высокое положение, состоятельность или уважение в общине. Вторая часть, «кара», многозначна: самое частое значение — «чёрный», но в именах и прозвищах оно могло означать «могучий», «сильный» (как в имени Кара-хан) или просто служить цветовым определителем. Третья часть, «-ев», — русский патронимический суффикс, который добавили при оформлении фамилии по русской модели. Таким образом, в основе лежит составное имя или прозвище Байкара — «богатый (или знатный) могучий» либо «богатый черный».

Модель образования фамилии типична для регионов, где тюркские имена адаптировались к русской административной системе: к тюркской основе прибавляли суффикс -ев (или -ов, -ин), и фамилия становилась притяжательным прилагательным, отвечающим на вопрос «чей?» — то есть «сын Байкары». Встречается вариант написания Байкаров, где вторая часть осмысляется как «кара» в значении «чёрный», но Байкараев — более редкая и точная форма, сохранившая полную структуру исходного имени.

Географически фамилия тяготеет к Северному Кавказу. Она встречается у балкарцев, карачаевцев, кумыков и других народов региона. Это не случайно: в балкарском и карачаевском языках слово «бай» активно использовалось в именовании, а «къара» означает «чёрный» или «тёмный», но также входит в состав многих имён как компонент, подчёркивающий силу. Поэтому наиболее вероятная версия — прозвище Байкъара (Байкара) давали человеку за его состоятельность и физическую мощь, и со временем оно закрепилось за родом.

Спорные версии встречаются редко. Иногда «кара» пытаются трактовать как «земля» или «народ», но в антропонимии тюркских народов это значение встречается гораздо реже, чем цветовое или усилительное. Правдоподобнее считать, что перед нами составное личное имя, а не прозвище по роду занятий или месту жительства. Сравнение с однокоренными фамилиями — Байкалов, Байрамов, Караев — подтверждает, что каждый компонент мог жить самостоятельно, но в Байкараеве они слились в одно прозвание.

Сословно фамилия не привязана к дворянству или крестьянству: в тюркской среде «бай» могло означать просто зажиточного хозяина, не обязательно князя. Поэтому носители фамилии могли быть и рядовыми общинниками, и представителями знати — точных данных по истории конкретного рода без генеалогического исследования нет.