Фамилия Байконуров звучит необычно для русского уха, и это не случайно. В её основе лежит географическое название, а точнее — казахский топоним Байконур. Однако, в отличие от многих «географических» фамилий, которые получали дворяне по названию своих поместий, Байконуров имеет совсем другую природу и более позднее происхождение.

Разбираем фамилию по составу. Корень «Байконур» — это сложное слово из тюркских языков, где «бай» означает «богатый» или «господин», а «конур» (или «куныр») — «бурый», «смуглый» либо «нора», «углубление». В целом название местности можно перевести как «богатая бурая земля» или «господская нора». Типичный русский суффикс -ов указывает на принадлежность: Байконуров — это «сын человека по прозвищу Байконур» или «выходец из Байконура».

Самая правдоподобная версия происхождения фамилии — топонимическая. Предок носителя фамилии мог родиться или жить в казахской степи, в урочище или ауле с названием Байконур. Таких топонимов в Центральной Азии несколько, и знаменитый космодром — лишь самый известный из них. Когда этот человек переселялся в русскоязычную среду (например, в Оренбургскую губернию или на Урал), его могли записать по месту прежнего жительства: «Иван из Байконура» — Иван Байконуров.

Вторая, менее распространённая версия — прозвищная. В тюркской среде «Байконур» могло быть личным прозвищем, которое давали зажиточному или влиятельному человеку со смуглой кожей. Поскольку русские фамилии у кочевых народов часто образовывались от имён отца, то при переходе в православие или при записи в казаки такое прозвище могли русифицировать через суффикс -ов.

Фамилия редкая и не относится к старинным боярским или дворянским родам. Её носители — скорее всего, потомки казаков, крестьян-переселенцев или служилых людей, осваивавших южные рубежи Российской империи в XVIII–XIX веках. Встречается она преимущественно в Оренбуржье, на Южном Урале и в Казахстане. Учитывая, что космодром Байконур стал широко известен только в середине XX века, все более ранние упоминания фамилии не имеют к нему никакого отношения — это обратное влияние топонима на антропонимию, когда место прославило фамилию, а не наоборот.