По одной из них, в основе фамилии лежит прозвище Байко, которое восходит к слову «бай», «баюн», что значит «сказочник». Скорее всего, так прозвали красноречивого человека, балагура, знающего много интересных историй и умеющего увлечь ими слушателей. По другой версии, прозвище Байко может представлять собой производную форму тюркского имени Бай, в переводе на русский язык означающего «хозяин, богатый, состоятельный, могущественный человек, господин». Кроме того, нельзя исключать, что фамилия Байкова является «акающим» вариантом фамилии Бойков, которая в свою очередь образована от прозвища Бойкий. Так могли прозвать расторопного, ловкого и находчивого человека. Среди знаменитых однофамильцев - Федор Исакович Байков (1612-1664), московский дворянин, глава первого русского посольства в Китай. Его описание путешествия было переведено на многие европейские языки и до сих пор читается с интересом. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Байко, со временем получил фамилию Байкова.