Фамилия Байкова принадлежит к распространённому типу русских фамилий, образованных от прозвищ или мирских имён с помощью суффикса -ов. Женская форма Байкова указывает на то, что её носительница — женщина, тогда как мужской вариант фамилии — Байков. В основе фамилии лежит прозвище Байко. О его происхождении есть несколько версий, и ни одна из них не выглядит надуманной.

Самая прямая версия связывает прозвище Байко со словом «бай» или «баюн» — так в старину называли сказочника, рассказчика. Человек, получивший такое прозвище, вероятно, обладал даром красноречия, был балагуром, знал множество историй и умел увлечь ими слушателей. В русских говорах слово «баить» означало «говорить, рассказывать», поэтому прозвище могло закрепиться за любым словоохотливым человеком.

Другая версия выводит Байко из тюркского имени Бай, которое переводится как «хозяин», «богатый», «могущественный господин». В тюркских языках это слово часто входило в состав имён и прозвищ, обозначая знатного или состоятельного человека. В русской среде такое прозвище могло прижиться в районах активных контактов с тюркскими народами.

Наконец, существует предположение, что фамилия Байкова — это «акающий» вариант фамилии Бойков. В южнорусских и некоторых среднерусских говорах, где «акают», прозвище Бойкий (расторопный, ловкий, находчивый человек) могло произноситься как Байкий, а его производная форма — как Байко. Эта гипотеза объясняет, почему при одном корне мы видим разное написание.

Среди известных носителей фамилии — Фёдор Исакович Байков (1612–1664), московский дворянин, возглавивший первое русское посольство в Китай. Его путевые заметки перевели на многие европейские языки, и они до сих пор представляют исторический интерес. Эта личность — яркий пример того, что фамилия могла принадлежать не только крестьянам, но и людям служилого сословия.