Фамилия Баймырзаев — яркий образец тюркской антропонимии, вобравший в себя сразу два компонента. Её основа — составное личное имя Баймырза, где «бай» означает «богатый, господин, хозяин», а «мырза» (от персидского «мирза») — «писарь, знатный человек, господин» или, в более архаичном смысле, «княжич, потомок эмира». Таким образом, имя Баймырза можно перевести как «богатый господин» или «знатный господин» — типичный для тюркского мира комплиментарный антропоним, который родители давали сыну с пожеланием достатка и уважения.

Русский суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкой основы) присоединился к тюркскому имени по стандартной модели образования фамилий в Российской империи. Это указывает на то, что предки носителя фамилии, вероятнее всего, были выходцами из тюркоязычной среды (казахи, татары, башкиры, ногайцы или узбеки), которые в процессе интеграции в русское государство получили или оформили фамилию по отцовскому имени. Фамилия Баймырзаев распространена в Казахстане, а также среди тюркских народов Поволжья и Урала.

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий, где «бай» мог указывать на реальное богатство предка, здесь он, скорее всего, часть традиционного имени-пожелания. Социальный статус «мырзы» в тюркской среде мог быть разным — от потомков знати до грамотных писарей при ханах или старшинах. Поэтому утверждать, что предки Баймырзаевых обязательно принадлежали к аристократии, нельзя: имя могло быть дано и в простой семье как знак уважения к этому званию.

Встречаются варианты написания — Баймырзаев и Баймырзаев, что связано с особенностями передачи тюркского звука «ы» на письме. Однокоренные фамилии — Баймырзин, Мырзаев, Баймурзаев — могут указывать на родственные корни или диалектные различия в произношении исходного имени.