Фамилия Байрактару — хороший пример того, как географическое положение и языковые контакты формируют родовые имена. Это не русская и не славянская фамилия, а румынская (молдавская), что сразу определяет и её происхождение, и историю носителей.

В основе фамилии лежит румынское слово «bayraktar» (в современном написании — «băráctar» или «bairaktar»), которое, в свою очередь, заимствовано из турецкого языка. В Османской империи «байрактар» (bayraktar) — это знаменосец, человек, который нёс полковое знамя. Должность была почётной и ответственной: потеря знамени считалась позором для всего отряда. Таким образом, первый носитель фамилии Байрактару, скорее всего, был либо знаменосцем в турецком войске, либо (что вероятнее для территорий Молдавии и Валахии) человеком, который служил при господарском или боярском дворе и нёс знамя. Румынский суффикс «-u» в конце — это типичный артикль мужского рода, который в фамилиях выполняет роль окончания, аналогичного русскому «-ов». То есть Байрактару буквально значит «Байрактар» или «знаменосец».

Фамилия распространена в Румынии и Молдове, особенно в исторических регионах, которые долго находились под влиянием Османской империи — Мунтения, Олтения, Бессарабия. В России и Украине она встречается редко, в основном у потомков переселенцев из Бессарабии. Важно не путать её с тюркской фамилией Байрактар (без окончания «-у»), которая распространена в Турции, Азербайджане и у крымских татар — там она тоже означает «знаменосец», но образована по другой модели.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: тюркский титул (профессия) + румынский артикль, который закрепился как фамильный суффикс. Никаких спорных версий или сложных морфологических разборов не требуется — это один из тех случаев, когда происхождение лежит на поверхности, если знать историю региона.