Фамилия Байрактарь звучит необычно для русского уха, и это не случайно. Её основа — тюркское слово «байрак» (знамя, флаг), а суффикс -арь указывает на деятеля. В тюркских языках «байрактар» — это знаменосец. В османской военной иерархии байрактары несли полковое знамя и отвечали за его сохранность, что было почётной и опасной должностью. Со временем слово стало фамилией, причём не только в Турции, но и у народов, испытавших тюркское влияние: у болгар, гагаузов, татар, а также у запорожских казаков, среди которых было много выходцев с турецких и татарских земель.

На русской почве фамилия прижилась с окончанием -ь, характерным для южнорусских и украинских говоров: Байрактарь, а не Байрактар. Иногда её путают с фамилией Байрачный, но это разные корни: Байрачный происходит от «байрак» (овраг, балка) — слова, распространённого в степной Украине и на юге России. Байрактарь же однозначно связан со знаменем и военным делом. Носитель такой фамилии мог быть потомком казака, служившего хорунжим (то есть знаменосцем), или выходцем из балканских или причерноморских тюрок, переселившихся в пределы Российской империи.

Словообразовательная модель проста: тюркская основа плюс русский суффикс -арь, который в фамилиях часто обозначал человека по профессии (как в фамилиях Пономарь, Псаломщик, Звонарь). Это делает Байрактаря редким, но прозрачным примером того, как воинское звание превратилось в родовое имя. Встречается фамилия преимущественно в Краснодарском крае, Ростовской области и в Крыму — в зонах активного контакта русских с тюркскими и казачьими культурами.