Фамилия Байшукуров — один из тех случаев, когда тюркская основа настолько прозрачна, что сразу подсказывает и происхождение, и социальный статус предка. Разбираем её по частям: «Бай» в тюркских языках значит «богатый», «господин», «хозяин». Вторая часть — «шукур» (вариант арабского «шукр» через тюркское посредничество) — означает «благодарность», «благодарение». Вместе выходит «богатая благодарность» или, что вероятнее, «богатый благодарностью» — имя-пожелание, которое давали ребёнку, чтобы он вырос состоятельным и щедрым, или в знак благодарности высшим силам за рождение сына.

Суффикс «-ов» — типично русский патронимический, который в XVI–XIX веках массово добавляли к нерусским фамилиям при крещении или при переходе в сословие государственных крестьян и казаков. Это значит, что предок носителя фамилии звался Байшукур (или Байшукр), а его сын или внук уже стал Байшукуровым. Без суффикса «-ов» фамилия осталась бы в форме Байшукур — такие варианты встречаются у башкир и татар, но в русской документации их почти всегда русифицировали.

География фамилии довольно узкая. Основной ареал — Оренбургская область и Башкортостан, реже встречается в Челябинской области и в Казахстане. Это указывает на башкирские или татарские корни: именно в этих регионах в XVIII–XIX веках активно шёл процесс учёта башкир и татар в ревизских сказках, где и закреплялась форма на «-ов». В башкирской среде имя Байшукур встречается как составное мужское имя, образованное по той же модели, что Байбулат, Баймурза, Байназар.

Есть вероятность, что фамилия могла возникнуть не от личного имени, а от прозвища. Если человек в ауле прослыл «баем шукуром» — то есть богачом, который не забывает благодарить, или, наоборот, богатеем, которого все благодарят за щедрость, — прозвище могло закрепиться за его потомками. Но эта версия менее правдоподобна: в тюркской ономастике такие сложные прозвища редко становились фамилиями, чаще брали имя отца.

С точки зрения сословной истории, Байшукуровы, скорее всего, относились к башкирам-вотчинникам или к государственным крестьянам из татар. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — в «Общем гербовнике» её нет. В списках оренбургского казачества фамилия тоже не значится, хотя отдельные носители могли служить в казачьих войсках.

В написании фамилии возможна путаница: встречаются варианты Байшукров (без гласной «у» во втором слоге) и Байшукуров. Первый — результат упрощения в речи, когда «шукур» редуцировался до «шукр». Второй — литературная норма, закреплённая в паспортах. Оба варианта однокоренные и восходят к одному и тому же имени.