Фамилия Байсикин — редкая и с неочевидной на первый взгляд основой. Если отбросить типичный русский фамильный суффикс -ин (указывающий на принадлежность: «чей?» — сын Байсики), остаётся корень Байсик-. Именно он и требует разбора.

Самая вероятная версия — тюркское происхождение. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) слово «бай» означает «богатый», «господин», «хозяин». Вторая часть — «сик» — может быть вариантом имени или прозвища. Например, в татарской ономастике есть имя Байсит (от «бай» + «саит» — «господин»). При адаптации в русской среде конечный «т» мог перейти в «к» (как это часто бывало в диалектах), и получилось Байсик. Таким образом, Байсикин — это «потомок Байсика», то есть человека, которого звали «богатым господином» или «главным богачом».

Менее убедительная, но возможная версия — связь с глаголом «байсить» в некоторых южнорусских говорах, где это означало «говорить вздор» или «хвастаться». Тогда прозвище Байсика могли дать болтуну или хвастуну. Однако эта гипотеза слабая: глагол редкий, а фамилия встречается в основном в Поволжье и на Урале, где тюркское влияние исторически сильнее.

Географически фамилия Байсикин тяготеет к Оренбургской области, Башкортостану и Татарстану. Это косвенно подтверждает тюркскую версию. Сословно предки Байсикиных могли быть как крестьянами, так и мещанами — фамилия не несёт дворянского суффикса (-ский) и не встречается в родословных книгах знати. Скорее всего, это фамилия, закрепившаяся за одной семьёй в XIX веке при переписях, когда прозвище главы дома стало наследственным.

В написании фамилия устойчива: двойного «с» или чередования «к/ц» (Байсицин) не зафиксировано. Это говорит о том, что форма не переосмысливалась в народе как «от слова байсик» — её просто записали один раз и так и оставили.