Фамилия Байтенова — это в первую очередь памятник восточной культуры, а точнее, тюркско-мусульманской традиции имянаречения. Скорее всего, это фонетический вариант более распространённой фамилии Байтанова. В основе лежит личное имя Байтан, которое сложили из двух древнетюркских корней: «бай» (хозяин, богатый, могущественный человек, господин) и «тан» (рассвет, утренняя заря). Получается ёмкий образ: «бай, родившийся на рассвете» или «бай, красивый, как утренняя заря». Имя давали с пожеланием достатка и светлой судьбы, а потомок человека по имени Байтен (или Байтан) со временем закрепил за родом фамилию Байтенова.

Словообразовательная модель здесь простая: к основе имени добавили русский патронимический суффикс -ов (в женском роде -ова), который в тюркских фамилиях стал стандартным способом указать на принадлежность к роду. Чередование гласных в корне (Байтан → Байтен) — обычное явление при устной передаче имени в разных диалектах и при адаптации в русском языке, так что обе формы, Байтенов и Байтанов, по сути, родственны.

Представители фамилии оставили след в Памятных книгах Казахстана. В Книге памяти Костанайской области записан учитель Байтенов Батал, родившийся в 1910 году в Тургайском районе. В Карагандинской области упомянут Байтенов Мирам (р. 1862) из Карсакпайского района. А в Акмолинской книге памяти — Байтенов Сейтжан (р. 1897), живший в Ульгуленском аулсовете Исильского района Северо-Казахстанской области. Эти записи показывают, что фамилия бытовала в северных и центральных регионах Казахстана, а её носители были и учителями, и крестьянами — обычными людьми, чьи имена сохранила история.