Фамилия Беберштейн образована от аналогичного прозвища, которое состоит из двух основ. Первая из них восходит к немецкому слову Beber, которое на русский язык переводится как «бобер». Второй компонент данного прозвище ведет свое начало от слова Stein, означающего в переводе с немецкого языка «камень; драгоценный камень». Вполне вероятно, что предок обладателя фамилии Беберштейн был либо трудолюбивым каменщиком, либо ювелиром.