Фамилия Бечеков — один из тех случаев, когда этимология лежит на поверхности, но требует географической и языковой привязки. Основа фамилии — тюркское слово «беч» или «беш», что в ряде тюркских языков (татарском, башкирском, казахском) означает число «пять». Суффикс «-ек» в тюркских именах и прозвищах часто выполняет уменьшительно-ласкательную или выделительную функцию, а русский патронимический суффикс «-ов» превратил имя или прозвище Бечек в фамилию Бечеков.

Наиболее правдоподобная версия: Бечек — это прозвище или некалендарное имя, данное пятому ребенку в семье. В тюркской традиции числовые имена (Бир — один, Ики — два, Уч — три, Дорт — четыре, Беш — пять) были распространены и могли закрепляться за человеком на всю жизнь. Менее вероятно, но возможно, что основа связана с диалектным словом «бече» — «маленький, младший» в некоторых тюркских наречиях, что также указывало бы на положение в семье.

Фамилия Бечеков — редкая и имеет четкую региональную привязку. Она характерна в первую очередь для тюркоязычных народов Поволжья и Урала, особенно для татар и башкир. Встречается также у черкесов (адыгов), где «беч» может иметь иное значение, но в таком случае фамилия, скорее всего, образована от другого корня, например, от адыгского «бэч» (слабый, хилый) — прозвища, которое давали для защиты от злых духов, по принципу «назови слабым, чтобы вырос сильным».

По сословной принадлежности носители фамилии Бечеков в Российской империи относились к государственным крестьянам или тептярям — особому сословию в Башкирии, объединявшему татар, марийцев, удмуртов и чувашей. Встречаются записи о Бечековых среди ясачных крестьян Казанской и Уфимской губерний. Дворянских родов с этой фамилией не зафиксировано.

Однокоренные фамилии — Бечев, Бечков, Бешев — имеют ту же числовую основу, но разное суффиксальное оформление. Бечеков стоит в ряду с такими фамилиями, как Бикбов (от «бик» — крепкий), Урманов (от «урман» — лес), то есть образован не от арабского или персидского имени, а от бытового тюркского слова, что говорит о народном, а не книжном происхождении.