Фамилия Бедереков образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей — от прозвища или имени через суффикс -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — Бедереков, то есть сын или потомок Бедерека. Сама основа Бедерек — редкая и неоднозначная. Её происхождение, скорее всего, тюркское, что типично для южнорусских и казачьих фамилий, где активно смешивались славянские и степные языки.

Вероятнее всего, Бедерек — это искажённое тюркское имя или прозвище. Можно вспомнить тюркское слово «бедер» — «бедро», «ляжка», но применительно к человеку оно могло означать «широкобёдрый», «коренастый», «сильный в ногах». В тюркских языках есть и личное имя Бадыр (Бәдір), которое восходит к арабскому «бадр» — «полная луна», и в русской записи оно легко могло превратиться в Бедерек через оглушение и замену гласных. Менее вероятна связь с диалектным русским глаголом «бедерить» (суетиться, делать что-то неловко) — такие корни редко дают фамилии на -ек.

Ареал фамилии Бедереков подтверждает тюркскую гипотезу. Фамилия крайне редкая, но встречается в Оренбургской области, Башкортостане и у оренбургских казаков — в тех местах, где русское население веками жило бок о бок с башкирами, татарами и казахами. Скорее всего, предок Бедерековых был либо крещёным татарином или башкиром, получившим фамилию по отцу, либо русским, получившим тюркское прозвище за внешность или характер.

Фамилия не имеет отношения к дворянским родам или известным историческим личностям. Она бытовала в крестьянской и казачьей среде, где фамилии часто фиксировали индивидуальную черту человека, а не его сословную принадлежность. Бедереков — пример того, как через редкую фамилию прослеживается многовековое соседство культур на границе Европы и Азии.