Фамилия Бедерина — женская форма, мужской вариант — Бедерин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Бедера, которое, скорее всего, связано с глаголом «бедить» (причинять беду, вредить, одолевать) или с существительным «беда». В старину Бедерей могли назвать человека, который постоянно попадал в неприятности, или, наоборот, того, кто приносил несчастья другим. Однако в народной речи у слова «беда» был и другой оттенок — «мастер, умелец» (от диалектного «бедовый» — бойкий, ловкий, решительный). Поэтому прозвище могло означать не горемыку, а смелого и находчивого человека, который не боится трудностей.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей?» — «сын Бедеры» или «жена Бедеры». В документах XV–XVII веков встречаются люди с прозвищем Бедера: например, крестьянин Бедерка упоминается в новгородских писцовых книгах. Поскольку суффикс -ин чаще всего закреплялся за основами на -а/-я, фамилия Бедерин/Бедерина могла возникнуть в северных и центральных областях России, где была распространена такая модель.

Изредка фамилию связывают с тюркским словом «бедер» (бедро, ляжка) — такое прозвище могли дать человеку с крупным телосложением. Но эта версия менее вероятна: в русской ономастике нет устойчивой традиции образования фамилий от тюркских названий частей тела без промежуточного прозвища. Более правдоподобно, что Бедерина — исконно русская фамилия, образованная от древнего прозвища, которое со временем потеряло негативный оттенок и стало просто родовым именем.