Фамилия Бедеркин — редкий пример, где прозвище, скорее всего, образовано не от профессии или внешности, а от диалектного глагола, который сегодня почти забыт. Разбор начинается с суффикса: -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Бедеркин — это сын или потомок человека по прозвищу Бедерка или Бедеря.

Корень «бедер-» в русских говорах имел несколько значений, и самое правдоподобное связано с глаголом «бедерить» — суетиться, делать что-то невпопад, хлопотать без толку. В северных и сибирских диалектах так говорили о человеке, который много суетится, но без результата, или о том, кто постоянно мешается. Прозвище Бедерка мог получить непоседливый, хлопотливый человек. Менее вероятна, но возможна связь с «бедро» — в этом случае прозвище давали по особенности походки или телосложения, но для фамилий такая мотивация встречается реже, чем глагольная.

Модель образования типична для русских фамилий: основа на -а (Бедерка) плюс притяжательный суффикс -ин. Сравните с однокоренными, но более распространенными фамилиями Бедеров, Бедеряев — все они восходят к одному диалектному гнезду. Встречаемость фамилии Бедеркин крайне низкая, основные очаги — в старых русских селах Вятской и Пермской губерний, что косвенно подтверждает северное происхождение прозвища.

С точки зрения социальной истории, носители фамилии Бедеркин, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что типично для прозвищ, образованных от бытовых диалектных слов. В документах XVII–XVIII веков можно встретить варианты написания Бедерков или Бедеркей, но современная форма закрепилась именно через суффикс -ин.