Фамилия Бедеркина — женская форма, мужская — Бедеркин. Она образована по самой распространённой в русском языке модели: от прозвища или имени с помощью суффикса -ин, который указывал на принадлежность («чей?» — сын Бедерки). Основа здесь — слово «бедерка» или «бедерко».

Скорее всего, прозвище Бедерка дали человеку с заметной особенностью телосложения: полному, с широкими бёдрами, или, наоборот, худому, с торчащими костями. В русских говорах «бедро» и его уменьшительные формы использовали не только в прямом анатомическом смысле, но и как шутливую характеристику. В словаре Владимира Даля есть слово «бедеря» — так называли человека с большими бёдрами. Фамилия Бедеркин, таким образом, относится к «телесным» прозвищам, как Лобанов (от «лоб»), Губин (от «губа») или Носов.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным глаголом «бедеркать» (стучать, бренчать). В этом случае прозвище мог получить шумный, неуклюжий человек или тот, кто работал с грохотом, например кузнец. Однако прямых подтверждений такого значения в ономастических источниках нет, и версия с телесным признаком выглядит правдоподобнее.

Фамилия редкая, в списках массовых русских фамилий она не встречается. Географически её следы ведут в центральные и северные регионы России: в переписных книгах XVII века упоминаются крестьяне Бедеркины в Вятской и Костромской губерниях. Это указывает на крестьянское или посадское происхождение — дворянских родов с такой фамилией в гербовниках нет.

Суффикс -ин, а не -ов, тоже говорит о древности: фамилии на -ин чаще образовывались от основ, оканчивающихся на -а или -я, и в северных говорах они держались дольше. Бедеркины — потомки человека, которого в своём кругу прозвали за стать или походку, и прозвище закрепилось как родовое имя уже в XVI–XVII веках.