Фамилия Бедерханов — редкий случай, когда основа фамилии не поддаётся однозначной славянской этимологии. В отличие от большинства русских фамилий на -ов, образованных от имени, прозвища или профессии, здесь мы имеем дело с тюркским или, точнее, кавказско-тюркским корнем.

Разбор по составу прост: корень «Бедерхан» и фамильный суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Бедерханов сын). Всё внимание — к основе. Имя Бедерхан (или Бадерхан) составное: «Бедер» (вариант «Бадыр», «Батыр») в тюркских языках означает «богатырь», «герой», «храбрец»; «хан» — титул правителя, князя. Получается «богатырь-хан» или «герой-князь». Такие составные имена давали в семьях, где хотели подчеркнуть силу и знатность рода, либо как пожелание мальчику.

Самые вероятные географические корни фамилии — Северный Кавказ, Закавказье или Поволжье. У кумыков, азербайджанцев, татар и народов Дагестана имя Бадерхан (Бедерхан) встречается как личное. Фамилия Бедерханов, скорее всего, закрепилась у горских народов (например, у кумыков или лезгин) и позже, при русификации, получила стандартное русское окончание -ов. В русских документах XIX — начала XX века так записывали детей, чьих отцов звали Бедерханом.

В отличие от фамилий с «говорящим» ремесленным корнем (Кузнецов, Плотников), Бедерханов не указывает на занятие предка. Это антропонимическая фамилия, то есть образованная напрямую от личного имени. Социальный статус носителя имени Бедерхан мог быть разным: от сельского уважаемого человека до мусульманского духовного лица или воина. Фамилия несёт в себе отзвук той культуры, где имя давали не по святцам, а по достоинству.

Если сравнивать с однокоренными, то фамилия Батырханов (от «Батыр» + «хан») — её прямой аналог, но с другим огласовочным вариантом первого корня. Фамилия Бедерханов встречается реже, что указывает на более узкую локальную традицию или на вариант записи, закрепившийся в конкретном роду.