Фамилия Беднушкин образована по модели, характерной для русских фамилий: основа плюс суффикс -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Беднушки». Основа здесь — прозвище или некалендарное имя Беднушка. Это слово — уменьшительно-ласкательная форма от прилагательного «бедный» с суффиксом -ушк-.

Что означало исходное прозвище? В русской традиции прозвища, образованные от слова «бедный», не обязательно указывали на реальную нужду. Часто так называли человека с определённой чертой характера: скромного, непритязательного, нежадного. В некоторых говорах «беднушкой» могли называть сироту или младшего в семье, которому доставалось меньше всех. Реже — человека, который постоянно жаловался на судьбу или прибеднялся.

Словообразовательная цепочка проста: бедный → Беднушка (прозвище) → Беднушкин (сын Беднушки). Фамилия относится к «патронимическому» типу, то есть происходит от имени или прозвища отца. По географии фамилия редкая, встречается в основном в центральных областях России, что типично для фамилий на -ин, возникших в среде крестьян и посадских людей.

Интересно, что в отличие от фамилий вроде Беднов или Бедняков, где корень «бедн-» звучит прямо и грубовато, форма Беднушкин смягчена уменьшительным суффиксом. Это могло быть прозвище, данное с долей иронии или жалости, но не с насмешкой. В XIX веке такие «ласкательные» прозвища нередко становились фамилиями, особенно если человек был незлобивым или тихим.

В ономастических словарях фамилия Беднушкин не фиксируется как широко распространённая, что говорит о её локальном происхождении. Вероятно, предок носителя фамилии жил в одной деревне или уезде, где прозвище Беднушка было известно и закрепилось за его потомками.