Фамилия Бедуленко — характерный пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели на -енко. В ономастике суффикс -енко традиционно указывает на отчество или принадлежность к роду: буквально «маленький Бедул», то есть сын или потомок человека по прозвищу Бедул. Такая модель сложилась в Поднепровье и на Левобережной Украине в XVI–XVII веках, а позже распространилась на южные и восточные регионы Российской империи.

Основа фамилии — личное имя или прозвище Бедул. Здесь возможны два объяснения, и оба правдоподобны. Первое: Бедул — это производная форма от крестильного имени Вадим или Венедикт, характерная для украинской народной традиции (ср. аналогичные сокращения: Дмитро — Дмитруль, Григорій — Грицуль). Второе: прозвище Бедул могло возникнуть от украинского или польского слова «беда» (в значении «несчастье», «горе») или от глагола «бідувати» — бедствовать, жить в нужде. В таком случае прозвище давали неимущему или невезучему человеку, причём не обязательно с уничижительным оттенком — в среде казачества и крестьян такие бытовые прозвища часто закреплялись без осуждения.

Суффикс -енко в украинской антропонимии долгое время был маркером непривилегированного сословия: казаков, мещан, крестьян. В отличие от польских фамилий на -ский или русских на -ов, которые часто носили дворяне, фамилии на -енко указывали на происхождение из свободного, но не знатного слоя. Поэтому предки носителей фамилии Бедуленко с высокой вероятностью были казаками или крестьянами центральной Украины (современные Черкасская, Полтавская, Кировоградская области). Фамилия не имеет аристократической огласовки и не фиксируется в родословных книгах дворянства.

В современной России и Украине фамилия Бедуленко встречается относительно редко, что говорит о её локальном происхождении — скорее всего, от одного родового гнезда. Вариантов написания немного: в документах встречается как Бедуленко, реже — Бєдуленко (с украинской передачей). Спорных версий происхождения, кроме двух указанных, нет: попытки связать фамилию с тюркским «бедул» (титул или имя) не подкреплены ни географией, ни историческими записями.