Фамилия Бедяген — редкая и географически привязанная. Её происхождение скорее всего связано с тюркским или кавказским корнем, а не с русской ономастической традицией. В русских фамилиях суффиксы -ов/-ев, -ин, -ский встречаются повсеместно, а вот -ен (как в Бедяген) — нетипичный для славянского словообразования. Это указывает на то, что фамилия, вероятно, пришла из языков народов Кавказа или Закавказья, где такие окончания встречаются чаще.

Основа «Бедяг» может восходить к тюркскому или азербайджанскому слову «bəd» (плохой, дурной) или «bədiyyə» (плохой, злой), а также к «bədgüman» (подозрительный). В таком случае фамилия могла быть прозвищем — «Бедяген» мог означать «тот, кто из рода Бедяг» или «сын Бедяга». Однако есть и другая версия: в армянском языке существует слово «բեդ» (bed) — «кровать» или «постель», но оно мало подходит для прозвища. Более правдоподобна связь с аварским или лезгинским «бед» — «бедный», «несчастный». Тогда «Бедяген» — это «бедняк» или «сирота», что типично для прозвищ, которые закреплялись за родом.

География фамилии подтверждает эту версию. Носители фамилии Бедяген встречаются в основном на Северном Кавказе, в частности в Дагестане, и среди армянской диаспоры. В русских переписных книгах XVIII–XIX веков фамилия не фиксируется, что говорит о её позднем появлении в русскоязычной среде, вероятно, в результате миграций или русификации тюркских и кавказских имён.

С точки зрения социального контекста, предки Бедягенов могли быть крестьянами или ремесленниками, получившими прозвище по внешности или характеру. Встречаются единичные упоминания фамилии в советских архивах, но без массовой известности. Таким образом, Бедяген — это фамилия-прозвище, скорее всего, тюркского происхождения, означающая «бедный» или «несчастный», закрепившаяся за родом на Кавказе.