Фамилия Беисов — редкий случай, когда корень слова почти наверняка не славянский, а тюркский. Основа «Беис» восходит к личному имени Беис, которое в свою очередь образовано от тюркского «бей» (господин, князь) с добавлением аффикса принадлежности -ис. В разных тюркских языках это имя могло означать «его господин» или «принадлежащий бею». Имя Беис (и его варианты Бейис, Биис) встречается у башкир, татар, казахов и народов Северного Кавказа — чаще всего как прозвище или родовое имя, данное человеку, служившему знатному лицу или выделявшемуся властным характером.

Суффикс -ов в фамилии — классический русский патронимический показатель, который присоединялся к нерусским основам при переходе в русскую культуру. Это означает, что предок носителя фамилии, скорее всего, носил имя Беис, а его потомки, попав в русскоязычную среду (например, при крещении или при записи в ревизские сказки), получили фамилию по отцу: «чей сын?» — Беисов. Такая модель типична для тюркских фамилий, адаптированных в XIX веке в среде крестьян, казаков или мещан южных и восточных губерний Российской империи.

Географически фамилия Беисов тяготеет к регионам с сильным тюркским влиянием — Оренбуржью, Башкортостану, Татарстану, а также к казахским степям. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении: возможно, родоначальник был выходцем из конкретного аула или села, где имя Беис было распространено. В архивных записях XIX века фамилию можно найти среди башкирских и татарских тептярей — сословия, платившего ясак и часто менявшего веру.

Отдельного внимания заслуживает написание. Вариант «Беисов» с буквой «е» в корне — наиболее частый, но в метрических книгах иногда встречается «Беисов» через «ѣ» (ять) или «Бейсов», что отражает произношение с йотированной гласной. Это не ошибка, а следствие того, что в тюркских языках звук «бей» произносится мягче, чем в русском, и писцы передавали его на слух по-разному.

Сравните с однокоренными фамилиями: Беев (от «бей» напрямую), Биисов (с другим огласовочным вариантом) и Бейсунов (с добавлением суффикса -ун). Все они указывают на одну и ту же социальную нишу — предки были людьми, так или иначе связанными с местной знатью или носившими прозвище «господин», но не обязательно сами принадлежали к высшему сословию.