Фамилия Бекбоева образована по самой распространённой в русском языке модели — от мужской формы на -ов/-ев с помощью суффикса -а, указывающего на принадлежность женщине (Бекбоев → Бекбоева). Основа здесь — тюркское составное имя Бекбой, которое складывается из двух частей: «бек» (господин, князь, военачальник) и «бой» (богатый, состоятельный, хозяин). В дореволюционной Средней Азии, особенно среди киргизов и казахов, имя Бекбой давали с пожеланием, чтобы мальчик вырос знатным и обеспеченным человеком. Таким образом, фамилия Бекбоева буквально означает «потомок (дочь или жена) Бекбоя».

Изначально такие фамилии фиксировались в метрических книгах и списках в конце XIX — начале XX века, когда у народов Российской империи начался массовый переход от личных имён и отчеств к наследуемым фамилиям. У киргизов и казахов фамилии на -ов/-ев стали обязательными после 1918 года, поэтому Бекбоева — относительно молодая по меркам русской ономастики фамилия, но с глубоким корнем в тюркской антропонимике.

Интересная деталь: имя Бекбой могло быть не только личным, но и прозвищным — его могли дать человеку, который служил у богатого бека или выделялся хозяйственностью. В ономастических работах, например у Никонова, указывается, что тюркские композиты с «бек» часто переходили в фамилии без изменений, сохраняя архаичное звучание. Фамилия Бекбоева практически не встречается за пределами Центральной Азии, что делает её чётким маркером киргизского или казахского происхождения.