Фамилия Бекботова — женская форма фамилии Бекботов, а та, в свою очередь, образована от имени Бекбот. Это типичная модель для русских фамилий на -ов/-ев, указывающая на принадлежность: «чей?» — сын Бекбота, потомок Бекбота. Но в отличие от большинства русских фамилий, основа здесь не славянская, а тюркско-кавказская.

Имя Бекбот — составное, и его разбор даёт ключ к происхождению. Первая часть «бек» (или «бий», «бей») — тюркский титул, означающий «господин», «князь», «вождь». Вторая часть «бот» — это, вероятнее всего, искажённое или адаптированное в русской записи имя «Буда» или «Бута», либо же восходит к арабскому «бадр» («полная луна»). В осетинской и ингушской традициях имя Бекбот (или Бекбулат) известно и означает «крепкий, как сталь» (от «бек» и «булат»). Таким образом, имя Бекбот несло значение «князь-богатырь» или «господин, подобный луне».

Географически фамилия Бекботовы имеет чёткую привязку к Северному Кавказу, в первую очередь к Осетии и Ингушетии. В XIX — начале XX века представители этой фамилии фиксировались среди осетин-мусульман, а также среди ингушей. Встречается она и у терских казаков, что объясняется тесными контактами и смешанными браками в регионе. Следовательно, предки носителя фамилии были, скорее всего, выходцами из горской или казачьей среды, где имя Бекбот было распространённым.

С точки зрения словообразования, фамилия прошла адаптацию: тюркско-кавказское имя получило русский патронимический суффикс -ов, что сделало её «понятной» для русской бюрократической системы. Интересно, что в осетинском языке фамилия может звучать как Бекботаты, а в ингушском — Бекботовы, но с ударением на первый слог.

Носительниц фамилии Бекботова среди широко известных исторических личностей нет, что не умаляет её ценности как маркера конкретной этнической и социальной группы — людей, чьи корни уходят в горские общества Центрального Кавказа, где титул «бек» и воинская доблесть ценились особенно высоко.