Фамилия Бекболотова — женская форма фамилии Бекболотов. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать сложную основу, которая состоит из двух тюркских корней: «бек» и «болот». Первый корень, «бек» (или «бий»), в тюркских языках означает «господин», «князь», «правитель», «начальник». Второй корень, «болот», восходит к персидскому слову «пулад» (сталь, булат) и в тюркских языках значит «сталь», «крепкий», «несгибаемый». Таким образом, имя Бекболот (которое и легло в основу фамилии) переводится как «стальной князь» или «крепкий, как сталь, господин». Это составное имя-пожелание, распространённое у многих тюркских народов: родители давали его сыну, желая ему силы, твёрдости характера и высокого положения.

Фамилия Бекболотов образована по стандартной русской патронимической модели: к основе имени Бекболот добавили русский суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Бекболотов, то есть сын Бекболота). Такая модель массово закреплялась за нерусскими народами в XIX–XX веках, когда их имена и прозвища адаптировали под русскую систему фамилий. Фамилия Бекболотова, соответственно, означает «дочь (или жена) Бекболотова». Распространена она преимущественно среди народов Северного Кавказа (особенно у балкарцев, карачаевцев, кумыков) и в Средней Азии (у киргизов, казахов). Встречается и в других регионах бывшего СССР, куда люди переселялись в советское время.

Интересная деталь: в некоторых тюркских языках слово «болот» может быть не только именем, но и самостоятельным прозвищем, означающим «меч» или «булатная сталь». В сочетании с «бек» это давало не только имя, но и социальную характеристику — «князь-меч», то есть военный предводитель. Поэтому предки носителей фамилии Бекболотовых, скорее всего, происходили из среды военной знати или зажиточных общинников, чьё положение подкреплялось личной силой и авторитетом. Встречаются варианты написания с одной «т» (Бекболов), но это уже иная фамилия, хотя и с похожей логикой образования.

Учитывая, что фамилия не является ни русской дворянской, ни распространённой общеславянской, её носители почти наверняка имеют прямую этническую связь с тюркоязычными культурами. В современных условиях фамилия Бекболотова нередко встречается в Киргизии, где имя Бекболот до сих пор популярно, и в России — в Кабардино-Балкарии и Карачаево-Черкесии.