Фамилия Бекботаева образована по самой распространённой в русском языке модели — с помощью суффикса -ев, который присоединяется к основе, оканчивающейся на мягкий согласный или гласный. В данном случае основа — Бекбота, а суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — Бекботаев, то есть потомок или человек из рода Бекботы. Женская форма Бекботаева — это вариант, который носят женщины в русской или русифицированной среде.

Корень фамилии составной и восходит к тюркским языкам, скорее всего к казахскому или ногайскому. Первая часть «бек» (или «бий») в тюркской ономастике означает «господин», «князь», «правитель». Вторая часть — «бота» — переводится как «верблюжонок». В тюркской культуре верблюд был символом выносливости, богатства и статуса, а верблюжонок — ещё и нежности, молодости. Таким образом, имя Бекбота могло быть составным личным именем со значением «князь-верблюжонок» или «господин, подобный верблюжонку», что звучит как пожелание благородства и силы. Встречается и более прозаичная версия: «бота» могло быть прозвищем ласкового или слабого человека, а «бек» — указанием на его знатное происхождение, то есть «благородный, но мягкий».

Географически фамилия Бекботаева тяготеет к регионам, где исторически жили тюркские народы, особенно казахи и ногайцы. В России она встречается в Оренбургской, Астраханской областях, в Ставропольском крае, а также в Казахстане. Среди носителей фамилии много людей, чьи предки были кочевниками-скотоводами или служили в казачьих войсках, где тюркские имена нередко русифицировались.

Интересная деталь: фамилия Бекботаева, несмотря на тюркское происхождение, имеет русский суффикс -ев, что говорит о том, что её носители довольно рано вошли в русскую административную систему — при переписях или при получении документов. В отличие от фамилий на -ов, которые образуются от основ на твёрдый согласный, вариант на -ев указывает на то, что исходное имя заканчивалось на «а» или мягкий звук, что типично для тюркских имён, адаптированных в русской среде.