Фамилия Беккер напрямую связана с немецким ремеслом: её основа — слово Bäcker, то есть «пекарь». Это типичная профессиональная фамилия, которую давали предку по его занятию. В немецкоязычных землях такие фамилии на -er (как Шнайдер, Мюллер, Циммерман) складывались в эпоху позднего Средневековья, когда ремесленники получали прозвища по своей специальности, а те со временем закреплялись за потомками. В случае Беккер модель образования прозрачна: к корню, обозначающему профессию, добавился суффикс деятеля -er.

Существует и менее убедительная гипотеза, связывающая фамилию с немецким Beker — «кубок, чаша». Она выглядит правдоподобно лишь в единичных случаях, когда прозвище могли дать по характерной черте внешности или по предмету обихода, но массовое бытование фамилии указывает именно на пекарское ремесло. В пользу первой версии говорит и то, что в старых немецких записях (например, в городских книгах ремесленников XIV–XV веков) форма Backer или Becker встречается именно как обозначение пекаря, а не изготовителя посуды.

В России фамилия Беккер появилась вместе с переселенцами из Германии — прежде всего в Поволжье, Причерноморье и Петербургской губернии. Среди носителей были как городские булочники и кондитеры, так и крестьяне-колонисты, для которых выпечка хлеба оставалась основным занятием. Со временем фамилия утратила прямую связь с профессией, но её исходное значение — «пекарь» — легко прочитывается и сегодня.