Фамилия Бекоев от имени Бекой, которое, вероятно, является упрощенной формой татарского имени Беккай. Как и многие другие мусульманские имена, оно является составным: основой для него послужили Бек («богатый; господин») и Кай («крепкий, здоровый»). Согласно другой версии, вторая часть фамилии восходит к киргизскому слову «кой» - «овца, баран». В этом случае основатель рода Бекоевых мог иметь большое стадо.