Фамилия Бекоев образована от личного имени Бекой. Скорее всего, это упрощённая форма тюркского составного имени Беккай. Первая часть — «бек» (господин, богатый человек), вторая — «кай» (крепкий, здоровый). Получается имя-пожелание: «здоровый господин» или «крепкий, как господин». Такие двухосновные имена типичны для тюркской ономастики, их разбирал, в частности, Н. А. Баскаков в работах по тюркским фамилиям.

Есть и другая версия происхождения второй части имени. В некоторых тюркских языках, например в киргизском, слово «кой» означает «овца» или «баран». Если принять эту гипотезу, имя Бекой могло означать «богатый скотом» или быть прозвищем владельца большой отары. Правдоподобность этой версии ниже: в составных именах компонент «кой» в значении «овца» встречается реже, чем «кай» в значении «здоровье».

Сама фамилия образована по русской модели с суффиксом -ев (Бекой → Бекоев). Это стандартная русификация тюркских имён и прозвищ, закрепившаяся у многих народов Поволжья, Кавказа и Средней Азии. Фамилия Бекоев встречается в разных регионах, чаще всего у осетин и ингушей, где имя Бекой бытовало как самостоятельное. В осетинском языке есть и фамилия Бекойты — та же основа, но с осетинским патронимическим суффиксом.