Основой фамилии Бакоев послужило мирское имя Бого. Болгарская фамилия Бакоев, вероятно, представляет собой фонетический вариант фамилии Богоев. Она, в свою очередь, происходит от имени Бого. Имя Бого является краткой формой нескольких болгарских имен: Богдан (от общеславянского «богом данный»), Богой (От названия праздника Богоявления), Боголюб (от общеславянского «любящий Бога»), Богомил («милый Богу»), Богор («радость Бога»), Богослав («славящий Бога»). Однако следует отметить, что существует и кавказская фамилия Бакоев. Скорее всего, она является вариантом фамилии Бокоев (в осетинском написании — Бокотæ), которая образована от прозвища Боко. Вероятно, оно восходит к осетинскому слову «бокъ» - «согнутый», «съежившийся», «сгорбленный». Возможно, это прозвище указывало на определенные внешние особенности основателя рода. Например, Боко могли называть сутулого человека. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Бого, со временем получил фамилию Бакоев.