Фамилия Балкоев — одна из тех, где за привычным русским суффиксом -ев стоит кавказское имя. В основе лежит личное имя Балкой, а сама фамилия указывает на происхождение от человека, которого так звали. Суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного) — типичный русский патронимический формант, который добавляли к именам и прозвищам при оформлении фамилий у народов, входивших в состав Российской империи.

Значение имени Балкой неоднозначно, и здесь есть две основные версии. Первая связывает его с чеченским глаголом «балхо» — «сетовать, жаловаться». Звучит неласково, но это распространённый приём: так называемые охранительные имена давали, чтобы обмануть злых духов. Считалось, что ребёнок с «жалующимся» именем никому не нужен, а значит, его не заберут. Парадоксальным образом родители желали ему достатка и безбедной жизни.

Вторая версия выводит имя Балкой из тюркского «бал» — «мёд». В этом случае исходная форма могла звучать как Балкай, где аффикс -кай — уменьшительно-ласкательный, характерный для тюркских имён. Тогда имя переводится как «сладкий, как мёд» или «медовый ребёнок». Обе гипотезы имеют право на существование, и, скорее всего, фамилия в разных родах Балкоевых восходит к разным прозвищам, просто со временем слившимся в одну форму.

Географически фамилия Балкоев распространена на Северном Кавказе, особенно среди чеченцев и ингушей. Культурные и административные контакты с русскими привели к тому, что местные имена стали оформляться по русской модели: сын Балкоя — Балкоев. Так, из имени или прозвища возникла фамилия, которая закрепилась и передаётся по наследству.