Фамилия Бекоева образована от мужского имени Бекой. В основе этого имени, скорее всего, лежит татарское имя Беккай, которое, как и многие составные восточные имена, складывается из двух частей: «бек» — «господин, богатый» и «кай» — «крепкий, здоровый». То есть имя Бекой могло означать «здоровый господин» или «крепкий, как господин».

Есть и другая, менее распространённая версия, которая связывает вторую часть имени с киргизским словом «кой» — «овца, баран». Если принять эту гипотезу, то прозвище Бекой мог получить человек, владевший большим стадом, — этакий «овечий господин». Впрочем, первая версия выглядит убедительнее, поскольку составные имена с компонентом «бек» — типичное явление для тюркской ономастики.

Сама фамилия построена по русской модели с суффиксом -ев (после мягкого согласного «й»), который указывает на принадлежность: Бекоев — сын Бекоя. В женском варианте — Бекоева. Географически фамилия встречается в среде осетин, ингушей и других народов Кавказа, где тюркские имена (в том числе с основой «бек») были заимствованы и адаптированы. Окончательно определить, когда и где именно возник род Бекоевых, можно только после специальных генеалогических изысканий.