Фамилия Бектегенов — редкий пример русской фамилии, образованной от полного тюркского имени. Её основа — мужское имя Бектеген, которое складывается из двух компонентов: «бек» (господин, князь, начальник) и «теген» (в переводе с древнетюркского — «принц», «царевич» или «равный»). Имя в целом могло означать «князь, равный господину» или «владыка, подобный принцу». Встречается оно в основном у тюркских народов Центральной Азии, особенно у казахов и каракалпаков, где имя Бектеген (иногда в форме Бектегин) фиксируется в родословных.

Фамилия образована по классической русской модели с патронимическим суффиксом -ов, который добавлялся к основе на согласный. Это указывает на то, что предок носителя фамилии был Бектегеном — то есть фамилия буквально означает «сын Бектегена» или «потомок Бектегена». Характерно, что суффикс -ов здесь присоединился к целому тюркскому имени, а не к прозвищу или профессии, что бывает реже: обычно русские фамилии на -ов от тюркских корней образуются от прозвищ или названий должностей (например, Арапов, Баскаков). Фамилия Бектегенов — более прямая, именная.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически жили тюркские народы, но впоследствии вошли в состав Российской империи и приняли русскую фамильную модель. Скорее всего, предки Бектегеновых — выходцы из казахских степей или Приаралья, которые при переписях или переходе в оседлость оформили фамилию по русскому образцу. В дореволюционных документах эта фамилия почти не встречается, что говорит о её позднем закреплении — вероятно, в конце XIX — начале XX века.

Ударение в фамилии, судя по законам русской акцентологии, падает на третий слог: Бекте́генов. Встречаются варианты написания с одной «е» — Бектегенов, но они редки и, скорее всего, являются искажением при записи. Двойное «е» (Бектеегенов) ошибочно и не соответствует исходному имени. Фамилия не имеет отношения к русскому слову «тег» или чему-то компьютерному — её корни чисто тюркские и восходят к титульной знати кочевых обществ.