Фамилия Бектегенова образована от полного тюркского имени Бектеген, которое, в свою очередь, сложили из двух самостоятельных компонентов: Бек и Теген. Первая часть — Бек — в древнетюркском языке означала «князь, повелитель, начальник, господин». Вторая часть — Теген — восходит к общетюркскому слову «теген», которое обозначало титул. Этот титул обычно присоединяли к именам младших членов ханской или княжеской семьи. Таким образом, составное имя Бектеген могло указывать на человека, имевшего прямое отношение к власти — либо по происхождению, либо по службе. Потомка такого человека, которого звали Бектеген, со временем стали называть Бектегеновым. Суффикс -ов в фамилии — стандартный русский патронимический формант, указывающий на принадлежность: «сын Бектегена». Встречается также женская форма Бектегенова, которая образована по той же модели.

Сама модель сложения двух титулов или статусных понятий в одном имени характерна для тюркской ономастики. В данном случае оба корня не просто указывают на знатность, но и уточняют положение в родовой иерархии: если Бек — это старший господин, то Теген — скорее младший княжич. Поэтому имя Бектеген могло означать «господин из младшей ветви» или «князь-наследник». Фамилия распространена в регионах, где исторически жили тюркские народы, в первую очередь у казахов, башкир и татар, хотя встречается и у других групп. Точных сведений о сословной принадлежности рода нет: носители фамилии могли быть и потомками военной знати, и людьми, получившими имя как родовое прозвище. Однако сама конструкция имени указывает на то, что предок Бектегеновых, скорее всего, занимал заметное место в своей общине, а фамилия сохранила след этой социальной дистанции.