Фамилия Бельгубаева — тюркская по происхождению, образована от мужского имени Бельгубай. Это имя составное: его основа — два тюркских слова. Первая часть, «бельгу», переводится как «знак», «признак» или «примета». Вторая — «бай» — означает «богатый», «хозяин», «господин». Таким образом, имя Бельгубай можно истолковать как «богатый приметой» или «отмеченный знаком».

Значение имени напрямую связано с родинками и родимыми пятнами. В тюркской традиции родинку на теле считали знаком, приметой. Если ребенок рождался с родинкой, ему нередко давали имя, в котором был компонент со значением «родинка» или «примета». Если же родинку замечали спустя какое-то время после рождения, ребенку могли дать новое имя, уже включавшее такое слово. Имя Бельгубай, вероятно, и было одним из таких имён — его давали ребёнку, имевшему на теле приметный знак.

Фамилия образована по типичной для тюркских языков модели: к основе имени добавился русский суффикс -ев, указывающий на принадлежность. Бельгубаева — буквально «из рода Бельгубая», «дочь или жена Бельгубая». Носительница фамилии — потомок человека, которого звали Бельгубай. Фамилия хранит не только родовую память, но и древнюю бытовую примету: имя предку дали по заметной особенности его внешности.